福建医科大学附属第二医院、第二临床医学院是泉州地区现代医学的发祥地，是我省主要的医疗、教学、科研基地之一，是闽南地区最早的一所三级甲等综合性医院及博士、硕士研究生学位授权点单位。医院始建于1881年，为英国教会医院，原名“惠世医院”，解放后，改为晋江专区第二医院。1973年升格为福建医科大学附属第二医院。2000年成为福建医科大学第二临床医学院，2002年成为福建医学会风湿病学分会主任委员单位。
医院倡导科学精神与人文精神相结合的治院方略，历来以外科技术精湛着称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近二十年来，内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平，其中自身免疫风湿病专业省内领先。现任院长是我省自身免疫风湿病学科带头人、博士生导师、国家卫生部有突出贡献中青年专家。
医院原址地处历史文化名城---侨乡泉州，占地仅约25亩，建筑面积48285平方米，病床编制970张，在职职工1120人，高级职称人员270人，有卫生部有突出贡献中青年专家1人、国务院特殊津贴专家5人，担任专业学会主任委员1人，各专业学会副主任委员（副会长）20人；占地142.6亩、床位1000张的“东海院区”按总体规划、分步实施的原则实施建设，一期工程已实行代建制，计划2010年底完工投入使用。
医院临床、医技科室齐全，在免疫内科、呼吸内科、心血管内科、肾脏内科、泌尿外科、内分泌科、骨科、耳鼻喉科、影像介入科、普外科、胸心血管外科、妇产科和眼科等专科尤为专长，其中自身免疫病的诊断和治疗、腹部介入超声、呼吸介入技术、心血管超声诊断技术、微创外科技术达到省内领先或国内先进水平。医院拥有核磁共振成像系统（MRI）、数字减影血管造影机（DSA）、螺旋CT、数字化胃肠造影机、流式细胞仪、PCR仪、彩色多普勒超声心动图、腹部彩色超声波、血液透析机、体外循环机、电子直线加速器、数字高频摄片机、骨密度仪、乳腺钼靶、体外震波碎石机、神经电生理检查仪、电子胃镜、电子肠镜、电子支气管镜等先进仪器设备。优秀的人才、精良的设备和完备的医学专科为广大民众提供了全方位的医疗、保健服务，医院目前年门诊量超70万人次、住院量3万多人次、完成各类手术1.6万余台。
医院作为福建医科大学第二临床医学院及省级医学继续教育基地之一，设有13个医学教研室，现有正、副教授91人，博士研究生导师4人、硕士研究生导师36人，1998年开始招收全国统招硕士研究生、2003年开始招收全国统招博士研究生，迄今共招收博、硕士研究生201名，目前在院研究生、本科生近300人。
医院还依托自身免疫病研究室、介入超声研究室、肝胆研究二室、耳鼻喉研究三室、手外科研究室、糖尿病研究室、肾病研究室、骨科生物力学研究室、睡眠呼吸研究室等9个研究室和科研中心，倡导“创新、求实、严谨、规范”实验室室训，大力开展医学科学研究，1997年以来共有59项科研成果获得医学科学技术进步奖，173项研究项目得到政府或研究基金的资助。